創建は朱鳥元年（686年）、草薙神剣が熱田還座された時に、日本武尊の縁由により鎮座されたと云われる
日本武尊が東征からの帰路、ここから氷上の尾張氏邸へ船出したという。
その故事により毎年10月10日の例祭(近年は同日に近い日曜日に開催)では御船流神事が行われる

創建当初は今より南の地、扇川に面した場所に鎮座していたが、応永元年、足利氏の武将安原宗範により
根古屋城（鳴海城）が築かれ、当社は現在の乙子山に奉遷された。現在の城跡内には境外社天神社が鎮座している。


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